自动离职员工被扣工资，可能存在法律风险，以下举例说明：
1、若员工自动离职未完成工作交接，导致用人单位工作停滞或损失，单位可能拒付工资，此时员工需举证证明自己已完成部分工作或单位无实际损失。
2、维权需注意仲裁时效：劳动争议申请仲裁时效为一年，逾期可能丧失通过仲裁或诉讼追讨工资的权利。
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自动离职员工工资被扣是否违法，需具体分析，一般情况下单位无故克扣工资违法。
若员工自动离职但已提供正常劳动，单位扣发全部工资违法，应按实际工作天数支付工资。若员工离职给单位造成损失，单位可依合同要求赔偿，但每月扣除部分不得超当月工资20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。
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自动离职员工工资被扣的处理，可能受特殊情况影响：
1、员工离职致单位经济损失：单位可从工资中扣除赔偿，但每月扣除额不超20%，且剩余工资不低于当地最低工资，这会影响实际到手工资。
2、单位存在违法行为致员工离职：如单位未及时足额支付报酬、未缴社保等，员工可随时解约，此时离职不违约，单位不得扣工资，还可能需支付经济补偿，处理结果会不同。
3、劳动合同有合法的自动离职工资扣除约定：若合同明确约定且不违反法律强制性规定，该约定可作为处理依据，影响最终结果。
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关于自动离职员工工资被扣是否违法，可依据《中华人民共和国劳动法》分析：
《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”自动离职员工离职前提供了正常劳动，其劳动报酬权受法律保护，单位扣发工资无法律依据。即使员工离职行为可能违约，也与支付工资属不同法律关系，单位不能以此克扣工资，否则违法，员工有权要求支付被扣工资。

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